Toma Kamijo é um rapaz nada normal que vive em uma cidade nada normal. Ele vive num lugar onde todos os jovens tem um poder sobrenatural provido pela ciência. Mesmo vivendo nesse lugar tão avançado, Toma tem um pequeno problema: ele acredita ser extremamente azarado por causa de seu braço direito que é capaz de neutralizar qualquer ataque feito por paranormais.
Dia após dia, mais situações desventuradas acontecem com ele até um em que uma linda garota vestida de freira aparece em sua varanda pedindo que a alimente.
A garota se identifica como Index, portadora dos 103 mil livros proibidos de magia e que por conta disso, está sendo perseguida por um grupo de magos que desejam esse conhecimento. Toma não acredita em nada do que ela fala, mas após alguns acontecimentos, ele decide protegê-la desse grupo inimigo.