A história de Fortune Arterial gira à volta do protagonista Hasekura Kouhei, que se transfere para uma prestigiada escola pública com estudantes de ciclo e secundário.
A escola situa-se numa ilha chamada de Tamatsu do Japão, e a única forma de lá chegar é de barco. Pouco após a sua transferência, ele descobre que uma estudante da turma ao lado da sua, Sendou Erika, é na verdade um tipo de vampiro.
